Tras ser fundados en el año 1983, los universitarios hicieron su debut en la máxima categoria en el año 1985.
En 2014 volvieron a la cima del fútbol nicaragüense, destacando su título del Torneo Apertura 2015 sobre Diriangén FC, sin embargo concluyeron como Sub Campeones Nacionales tras perder la finalisima ante Real Estelí FC por global de 3-1.
En 2019 volvieron a Liga de Ascenso y dos años más tarde lograron su retorno a Liga Primera.
Estadio Nacional de Fútbol de Nicaragua
